11 月份單細胞測序相關文獻共收集到 42 篇（IF>9），文末列表中列出文獻發(fā)表期刊、研究方向和技術平臺等信息，接下來先看看其中 5 篇。

文章展示

【標題】人類肺單細胞 RNA 測序的分子細胞圖譜

【平臺】Smart-seq2，10X

【期刊】Nature（IF=43.1）

【時間】2020-11-18

【摘要】雖然單細胞 RNA 測序研究已經(jīng)提供了細胞表達譜的報道，但要系統(tǒng)地識別和定位單個器官中的所有分子細胞類型以創(chuàng)建完整的分子細胞圖譜一直是困難的。本研究中，研究者使用基于液滴和平板的單細胞 RNA 測序，對所有肺組織和循環(huán)血液中的大約 75,000 個人類細胞進行測序，結合多種細胞注釋方法，創(chuàng)建了一份人類肺的廣泛細胞圖譜。研究者定義了人類肺中 58 個細胞群體的基因表達譜和解剖位置，包括 45 種已知細胞類型中的 41 種和 14 種以前未知的細胞類型。這份全面的分子圖譜確定了肺細胞的生化功能以及轉錄因子和用于制造和監(jiān)測它們的標記物；確定循環(huán)激素的細胞靶點，并預測了局部信號相互作用和免疫細胞歸巢；并確定了直接受肺部疾病基因和呼吸道病毒影響的細胞類型。通過比較人類和小鼠的數(shù)據(jù)，研究者確定了 17 種在肺進化過程中獲得或丟失的分子細胞類型，以及其他表達譜發(fā)生顯著變化的分子細胞類型，這揭示了器官進化過程中細胞類型和細胞類型特異性基因表達的廣泛可塑性和特定于細胞類型的基因表達。這份圖譜為研究肺細胞的特性、功能和相互作用如何在發(fā)育和組織工程中實現(xiàn)，以及在疾病和進化中如何改變提供了分子基礎。

【標題】頭頸癌患者 HPV 特異性 B 細胞應答的確定

【平臺】10X

【期刊】Nature（IF=43.1）

【時間】2020-11-18

【摘要】腫瘤通常含有 B 細胞和漿細胞，但這些腫瘤內(nèi) B 細胞的抗原特異性尚不清楚。本文中，研究者發(fā)現(xiàn)在人類乳頭瘤病毒（HPV) 陽性的頭頸癌患者的樣本中可以檢測到 HPV 特異性的 B 細胞反應，并原位產(chǎn)生 HPV 特異性的 IgG 抗體。HPV 特異性抗體分泌細胞（ASCs) 存在于腫瘤微環(huán)境中，招募來的流感病毒特異性 ASCs 較少，提示有局部和抗原特異性的 ASC 反應。HPV 特異性 ASC 反應與血漿 IgG 效價相關，并針對 HPV 蛋白 E2、E6 和 E7，其中對 E2 的反應明顯。利用腫瘤內(nèi)的 B 細胞和漿細胞，研究者產(chǎn)生了幾種 HPV 特異性的人類單克隆抗體，這些抗體表現(xiàn)出高度的體細胞超突變，與慢性抗原暴露相一致。單細胞 RNA 測序分析檢測到腫瘤微環(huán)境中激活的 B 細胞、生發(fā)中心 B 細胞和 ASCs。與腫瘤實質相比，B 細胞和 ASCs 優(yōu)先定位于腫瘤基質中，并具有活化 B 細胞形成的簇，這表明生發(fā)中心反應正在進行。總的來說，研究者發(fā)現(xiàn)在腫瘤微環(huán)境中可以發(fā)現(xiàn)抗原特異性激活的生發(fā)中心 B 細胞以及漿細胞。這些發(fā)現(xiàn)為人類癌癥中的體液免疫反應提供了更好的理解，并提示可以利用腫瘤浸潤性 B 細胞開發(fā)治療劑。

【標題】體內(nèi) Perturb-Seq 揭示與自閉癥風險基因相關的神經(jīng)元和神經(jīng)膠質異常

【平臺】10X

【期刊】Science（IF=41）

【時間】2020-11-27

【摘要】通過人類遺傳學研究確定的疾病風險基因和位點的數(shù)量遠遠超過系統(tǒng)研究其功能的能力。研究者開發(fā)了一種體內(nèi)大規(guī)模的遺傳功能研究技術 Perturb-Seq，這個方法檢測了 35 個自閉癥譜系障礙 / 神經(jīng)發(fā)育延遲（ASD/ND）新發(fā)的喪失功能的風險基因。研究者利用 CRISPR-Cas9 在這個 35 個風險基因中引入移碼突變，隨后轉染進子宮內(nèi)發(fā)育的小鼠大腦中，

然后對出生后大腦中受到干擾的細胞進行單細胞 RNA 測序。研究者從神經(jīng)元和神經(jīng)膠質細胞分類中鑒定了細胞類型特異性和進化保守的基因模塊。這些風險基因的擾動會影響到神經(jīng)發(fā)育過程中反復出現(xiàn)的基因模塊和細胞類型，證明這些風險基因對關鍵細胞過程的影響。體內(nèi) Perturb-Seq 使他們能夠研究各種突變?nèi)绾斡绊懓l(fā)育中生物的細胞類型和狀態(tài)。

【標題】將畸胎瘤作為人類多譜系發(fā)育模型

【平臺】10X

【期刊】Cell（IF=36.2）

【時間】2020-11-4

【摘要】研究者認為畸胎瘤是鑒定干細胞多能性的公認標準，可能是研究人類發(fā)育過程的一個很有前途的平臺。對來自 4 個細胞系的 23 個畸胎瘤的 179,632 個細胞進行單細胞 RNA 測序（RNA-seq)，研究者發(fā)現(xiàn)畸胎瘤在所有 3 個胚層中可包含約 20 種細胞類型，畸胎瘤間細胞類型的異質性與器官系統(tǒng)相媲美，畸胎瘤腸道和腦細胞類型與相似的胎兒細胞類型非常吻合。此外，細胞條形碼驗證了注射的干細胞能夠牢固地植入，并對所有譜系做出貢獻。研究者利用 CRISPR-Cas9 進行基因敲除篩查，結果發(fā)現(xiàn)畸胎瘤可以同時分析所有胚層的遺傳干擾的影響。此外，他們還證明，畸胎瘤可以通過 microRNA(MiRNA) 調(diào)節(jié)的自殺基因表達來形成分子模型，以豐富特定組織。總而言之，畸胎瘤是建模多譜系發(fā)育、泛組織功能基因篩查和組織工程的一個很有前途的平臺。

【標題】揭示角質細胞的增殖和遷移對鼓膜維持的貢獻

【平臺】10X

【期刊】Cell Stem Cell（IF=21.6）

【時間】2020-11-11

【摘要】鼓膜（TM) 對聽力至關重要，需要持續(xù)清除細胞碎片，但對 TM 表皮的穩(wěn)態(tài)機制知之甚少。研究者利用單細胞 RNA 測序、譜系追蹤、全器官移植和活細胞成像技術，發(fā)現(xiàn)穩(wěn)態(tài) TM 表皮有別于其他表皮部位，具有離散的增殖區(qū)以及多個角質形成細胞群體的 3D 結構。TM 干細胞散在分布于鼓膜，并產(chǎn)生長壽克隆和定形祖細胞（CP)。CP 克隆表現(xiàn)側向遷移，其增殖能力得到 PDGFRA+ 成纖維細胞的調(diào)控產(chǎn)生遷移性。人類 TM 的單細胞測序揭示了相似的細胞類型和轉錄進程。因此，在穩(wěn)態(tài)過程中，TM 角質形成細胞通過增殖的 CP 狀態(tài)，表現(xiàn)出側向遷移。為理解 TM 疾病和建立角質形成細胞生物學模型奠定了基礎。

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