在此基礎(chǔ)上，BD 充分發(fā)揮自身在抗體領(lǐng)域的優(yōu)勢，不斷開發(fā)適用于免疫研究領(lǐng)域的單細(xì)胞蛋白組學(xué)分析產(chǎn)品。目前為止，已推出近 500 種 AbSeq 抗體（基于 Rhapsody?單細(xì)胞平臺的單個抗體），客戶可根據(jù)研究需求選擇合適的抗體類型及數(shù)量。然而，如何選擇抗體，選擇哪些抗體，往往需要研究者通過大量的文獻(xiàn)查詢、資料搜索進(jìn)行確定，而后續(xù)針對數(shù)十個抗體的訂購及實(shí)驗(yàn)操作也將是一項(xiàng)復(fù)雜且具有挑戰(zhàn)的工作。
為了有效減輕這些冗繁的環(huán)節(jié)，近日，BD 公司重磅推出 AbSeq Immune Discovery Panel (IDP) 抗體組合，這款基于人主要特異性免疫標(biāo)志物的抗體組合，能夠在單細(xì)胞水平上，一次檢測多達(dá) 30 個細(xì)胞表面蛋白，涵蓋了人體大多數(shù)的免疫細(xì)胞群體；同時，該產(chǎn)品用于 BD Rhapsody?單細(xì)胞分析平臺，不僅可以用來分析單個細(xì)胞的表面蛋白，而且還可以和轉(zhuǎn)錄組同時進(jìn)行檢測，實(shí)現(xiàn)多組學(xué)綜合分析的目的，在大限度上簡化實(shí)驗(yàn)流程，助力科研進(jìn)展。
操作便捷 — 解放研究人員的雙手
BD IDP：從 30 到 1 的便捷與高效。小小一個試管即包含了針對人類主要免疫標(biāo)記蛋白的 30 種不同的特異性抗體，可支持 5 次實(shí)驗(yàn)。不再需要針對數(shù)十個抗體一一進(jìn)行操作，IDP 凍干粉，只需要依據(jù)說明書進(jìn)行溶解制備后，即可加入樣本進(jìn)行孵育。使用非常便捷，不僅縮短了實(shí)驗(yàn)時間和流程，且能有效地避免繁多操作帶來的實(shí)驗(yàn)失誤等。
圖 1. IDP 包含的 30 種抗體詳情
性能優(yōu)越 — 保證實(shí)驗(yàn)結(jié)果的可靠
IDP 能夠在一次實(shí)驗(yàn)中檢測多達(dá) 30 種表面蛋白的表達(dá)及豐度，為實(shí)驗(yàn)人員提供高度便捷的同時，其實(shí)驗(yàn)結(jié)果的可靠性仍然是令人關(guān)心的問題。為此，BD 公司研發(fā)工程師對 IDP 各抗體的特異性表達(dá)進(jìn)行了充分驗(yàn)證，并對 IDP 與相應(yīng)的 30 種單個 BD? AbSeq 抗體的實(shí)驗(yàn)結(jié)果進(jìn)行了比較。
IDP 包含的 30 種抗體的特異性得到了驗(yàn)證，如下圖所示，每個抗體所標(biāo)記的表面蛋白與對應(yīng)的免疫細(xì)胞分型是高度匹配的。
圖 2. IDP 包含的 30 種抗體的特異性分析
通過分析發(fā)現(xiàn)，IDP 能夠和 30 種單個 BD? AbSeq 抗體（新鮮配制混合）產(chǎn)生的數(shù)據(jù)相媲美，兩者的一致性非常高，相關(guān)性高達(dá) 0.984，進(jìn)一步說明 IDP 的可靠性。
圖 3. IDP 性能的檢測流程
圖 4. IDP 與單個抗體混合標(biāo)記的性能高度一致
靈活度高 — 便于探索更多科學(xué)問題
包含 30 種抗體的 IDP 力求能夠覆蓋大部分的免疫細(xì)胞研究需求，然而科學(xué)研究的復(fù)雜性，使得科研人員們在很多情況下需要在這 30 種抗體的基礎(chǔ)上進(jìn)行擴(kuò)充，那么這種情況下是否還能使用 IDP 呢？
答案是肯定的，這主要得益于 IDP 高靈活性的特點(diǎn)，即 30 種細(xì)胞表面蛋白的檢測是基礎(chǔ)，在此基礎(chǔ)上我們可以根據(jù)所研究的科學(xué)問題添加更多的抗體組合。同時，額外抗體的添加并不影響 IDP 的高性能特征。如下圖結(jié)果，在額外添加了 3 種單個抗體之后，前后分析結(jié)果在細(xì)胞聚類分布中幾乎是一致的，平均每個基因中檢測到的分子數(shù)也是幾乎一致的（R = 0.996）。
圖 5. 額外添加抗體對 IDP 性能影響的檢測方案
圖 6. 額外添加抗體對 IDP 性能無影響
兼容性好 — 助力多組學(xué)數(shù)據(jù)的分析
當(dāng)下，單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組研究如火如荼，也成為高分文章的必備神器之一。單細(xì)胞相關(guān)研究在解析細(xì)胞異質(zhì)性及鑒定發(fā)現(xiàn)新型細(xì)胞亞群方面具有獨(dú)特的優(yōu)勢，也已經(jīng)成功應(yīng)用于生物醫(yī)學(xué)的研究中。
但在單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析過程中，我們常常遇到一個難題，即 RNA 的表達(dá)和蛋白層面的檢測往往不一致，這使得我們在鑒別細(xì)胞亞群或進(jìn)行細(xì)胞機(jī)制研究時存在很多不確定環(huán)節(jié)。如果能夠同時獲得細(xì)胞的蛋白表達(dá)，將蛋白表達(dá)數(shù)據(jù)和轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)相結(jié)合進(jìn)行多組學(xué)分析，就能夠使單細(xì)胞表達(dá)解析更完整，研究結(jié)果更全面。
實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)表明，在不影響任何性能的前提下，IDP 與 BD Rhapsody? RNA 檢測試劑盒能夠?qū)崿F(xiàn)無縫對接。
圖 7. IDP 可與轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)一致性分析
同時，單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組結(jié)合蛋白組表達(dá)信息，使得細(xì)胞聚類分群效果得到明顯優(yōu)化。
圖 8. IDP 信息改善了單純基于轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)的分群
與此同時，在單個實(shí)驗(yàn)中對多個樣本進(jìn)行多組學(xué)分析可以降低實(shí)驗(yàn)成本，重要的是避免了不同實(shí)驗(yàn)之間的批次效應(yīng)（如腫瘤研究中的腫瘤組織、癌旁組織、健康組織在同一次實(shí)驗(yàn)中進(jìn)行分析對比，將更利于避免批次效應(yīng)對結(jié)果帶來的影響）。BD Rhapsody?單細(xì)胞平臺即可實(shí)現(xiàn)轉(zhuǎn)錄組 + 蛋白組（IDP/AbSeq）+ 多樣本檢測在同一次實(shí)驗(yàn)中進(jìn)行，真正高效、可靠地助力單細(xì)胞多組學(xué)研究。
結(jié) 語
流式方法進(jìn)行蛋白組學(xué)分析已經(jīng)成為基礎(chǔ)研究和臨床診斷中常用的技術(shù)之一，而隨著單細(xì)胞技術(shù)的不斷發(fā)展，蛋白組學(xué)結(jié)合基因表達(dá)在單細(xì)胞層面的研究將極有可能成為下一個推動生命科學(xué)及轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)進(jìn)程的契機(jī)。BD 公司在 Rhapsody? 單細(xì)胞平臺轉(zhuǎn)錄組的基礎(chǔ)上，利用自身抗體優(yōu)勢，推出 IDP 試劑盒，旨在幫助科研人員快速步入單細(xì)胞多組學(xué)研究領(lǐng)域，有力推進(jìn)免疫、腫瘤等科學(xué)研究領(lǐng)域的高速發(fā)展。同時，BD 公司秉承持續(xù)創(chuàng)新的精神，也將在單細(xì)胞平臺上繼續(xù)開發(fā)更多的 AbSeq 抗體組合，希望能夠大限度助力科學(xué)研究，為科研工作者提供更便捷高效的產(chǎn)品及服務(wù)。
轉(zhuǎn)載：測序中國（侵刪）
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